琼脂糖凝胶电泳（Agarose Gel Electrophoresis），简称琼脂糖电泳，是一种化学分离方法，是一种极其常用、且简单易行的核酸分离技术。在分子生物学领域中，琼脂糖电泳广泛应用于核酸分离和检测，是DNA/RNA操作中最基础、常用的实验技术之一。
该消除垂直电场技术，是以琼脂糖水平成型后再加入物质移动的距离来进行分子大小分离的一项技术，它把DNA和RNA沿追踪胶进行电泳分离，后由紫外灯进行检测。琼脂糖凝胶的一大特点是分离时易于处理，从而可以对DNA进行控制。它的分离原理是依据DNA在琼脂糖凝胶中的不同孔径大小、电荷、形状及特性进行分离分析和检测。
在琼脂糖凝胶电泳实验中，首先将待检测样品进行加热，使双链DNA变为单链，然后在接上电极的琼脂糖板上，等离子体在电场作用下沿着多孔琼脂糖凝胶板上的通道移动，这个移动速度是由电场强度和样品的分子大小决定的而不是电荷大小。
每张琼脂糖凝胶上的凝胶电泳带是一个独特的DNA指纹，每一个波带代表了特定长度的DNA。如今，基于琼脂糖凝胶电泳技术发展出了一种高效的方法——聚丙烯酰胺凝胶电泳技术（PAGE），可对一些大分子进行分离。
琼脂糖凝胶电泳是一项基本却非常重要的实验技术，广泛应用于分子遗传学、分子生物学中的DNA和RNA分析与纯化。仰仗这一技术，科学家们才可以更好地获取有关基因及其功能、复杂代谢网络及其调控等生命科学中重要的信息，推动生命科学研究的深入发展。
