质粒电泳是一种用于分离和鉴定质粒DNA的方法，在分子生物学和基因工程领域有着广泛的应用。
其原理是利用电泳的原理将DNA样品在琼脂糖凝胶中分离出来，根据质粒的大小和形状进行分类，从而鉴定质粒数目和大小。电泳后，可以将琼脂糖凝胶用紫外线照射使DNA在紫外线下发出荧光，并利用凝胶成像仪进行图像记录和分析。
质粒电泳可以用于分离和鉴定质粒载体，验证目的片段插入的准确性和完整性，检测PCR产物和基因突变，以及快速筛选大量质粒样品等。此外，在分子系统进化学、生物地理学、生物分类学和生态学等学科中也有着重要的应用。
